Der Projektstruktur von dokNE II gehören BetreuerInnen, administratives Personal, KollegiatInnen, das Koordinationsteam und der Beirat an (siehe Abbildung).
Die KollegiatInnen können in angestellte und assoziierte DoktorandInnen unterteilt werden. Während die Projekte der angestellten DoktorandInnen von der Universität oder externen Geldgebern finanziert werden, sind die Projekte der assoziierten DoktorandInnen nicht finanziell abgedeckt sondern werden mittels Stipendien unterstützt. Durch die Teilnahme an Lehrveranstaltungen und sonstigen Aktivitäten sind diese KollegiatInnen genauso in dokNE eingebunden wie die angestellten, arbeiten jedoch auf eigenverantwortlicher Basis. Es besteht die Möglichkeit, innerhalb des Kollegs Stipendien für assoziierte Masterarbeiten zu vergeben. Alle DoktorandInnen können diese Option in Anspruch nehmen wenn das Forschungsdesign ihres Doktorats-projekts dies erforderlich macht.
Der Kollegleiter, ein(e) BetreuerIn und drei KollegiatInnen bilden das Koordinationsteam. Dieses ist hauptsächlich dafür verantwortlich, operative Entscheidungen zu treffen und dient als vermittelndes Bindeglied zwischen BetreuerInnen und KollegiatInnen.
Alle KollegiatInnen sind auch Mitglieder in der Studierendenversammlung. Diese bietet eine Plattform, um verschiedene Interessen, Probleme und Wünsche darlegen und diskutieren zu können. Ihr Ziel ist es auch, Informationen zwischen den Querschnittsgruppen auszutauschen. Jede/r KollegiatIn ist Teil einer dieser drei Gruppen, die für verschiedene wichtige Aufgaben und Dienstleistungen innerhalb des Kollegs veranwortlich sind. Die Gruppe „Externe Kommunikation“ ist zum Beispiel hauptsächlich mit Öffentlichkeitsarbeit beschäftigt (z.B. Homepage, Presseartikel), während sich die Gruppe „Daten- und Wissensmanagement“ beispielsweise um Möglichkeiten des Informationsaustauschs mittels Internetforen und Wikis kümmert und die Gruppe „Gemeinsames Verständnis“ unter anderem an einem gemeinsamen Leitbild und der Definition wichtiger Grundbegriffe im Kolleg arbeitet.
Die KollegiatInnen erhalten vom BetreuerInnenteam regelmäßig Feedback zum Fortschritt ihrer Projekte. Zusätzlich tragen die assoziierten Lehrenden dazu bei, den Wissensstand der DoktorandInnen vor allem auf dem Gebiet der inter- und transdisziplinären Forschung zu erhöhen. Der Kollegleiter ist neben seiner Funktion als Betreuer mehrerer Doktoratsprojekte hauptverantwortlich für finanzielle Angelegenheiten, die Auswahl und Organisation der Lehrveranstaltungen sowie formal Vorgesetzter der angestellten DoktorandInnen. Für die Durchführung der daraus resultierenden administrativen Tätigkeiten erhält er Unterstützung von einer Assistenzstelle.
Alle KollegteilnehmerInnen nehmen jährlich an einer Klausur außerhalb von Wien teil. In einer entspannten Atmosphäre werden gemeinsam von KollegiatInnen und BetreuerInnen Workshops abgehalten. Diese sollen dazu beitragen, die Organisation des Doktoratskollegs aufzubauen bzw. zu überarbeiten und über zukünftige Erwartungen sowie vergangene Erfahrungen zu reflektieren. Die Klausur soll auch dabei unterstützen, die akademischen wie menschlichen Bindungen zwischen den TeilnehmerInnen zu stärken.
Zusätzlich zum internen Feedback der BetreuerInnen ist dem Kolleg eine Evaluationsinstanz von außen gegeben. Die KollegiatInnen erhalten regelmäßig konstruktives Feedback von einem unabhängigen Beirat, der die Entwicklung des Dokotoratskollegs und der einzelnen Doktoratsprojekte verfolgt. Dieser setzt sich aus dem Vizerektor für Forschung (BOKU), den Geldgebern sowie externen internationalen ExpertInnen aus der Wissenschaft und PraxisexpertInnen aus Österreich zusammen.
Die Kollegstruktur ermöglicht den DoktorandInnen somit konzentriertes Arbeiten und Forschen an der BOKU sowie optimale Betreuung durch das interdisziplinäre Lehrendenteam. Es wird dabei unter anderem das Ziel verfolgt, Forschungs- und Lehrinhalte gemeinschaftlich zu planen, um die Einbindung aktueller Entwicklungen und innovativer Ideen der KollegiatInnen zu ermöglichen.